Um mit den Arbeiten am Tunnel beginnen zu können, wurde das gesamte Areal für den Bau vorbereitet. Das Gelände wurde abgesichert, geebnet und vermessen. Provisorische Ein- und Ausfahrten für die Baufahrzeuge wurden geschaffen.

Im Frühjahr 2000 wurden die Fundamente für die Errichtung der Bürocontainer der Firma BOUYGUES TRAVAUX PUBLICS S.A. gesetzt, damit der Bau direkt von der Baustelle koordiniert werden kann.

Die Umverlegung war notwendig, um in diesem Bereich das spätere Brückenbauwerk BW 02 zu errichten. Die Brücke gewährleistet die direkte Fahrt vom Kolumbusring in Richtung Messe. Der Bau dieser Brücke sowie aller Zubringer war ebenso Bestandteil des Bauprojektes Warnowtunnel, wie die Maßnahmen zur Landschaftspflege.

Im Herbst 2000 wurden die Dichtwände auf der Westseite der Warnow für den Warnowtunnel gesetzt.
Die bis zu 30 Meter tiefen und armbreiten Dichtwände verhindern, dass Wasser durch das Erdreich über die Portale in den Tunnel eindringt.

Zur Fertigung der sechs Tunnelelemente wurde am Westufer der Warnow ein Baudock ausgehoben. Das Baudock war 10 Meter tief, 150 Meter breit und 250 Meter lang.
Je zwei Tunnelelemente wurden hier gleichzeitig gefertigt. Mit der Betonmischanlage im Hintergrund des Bildes wurde der Beton zur Herstellung aller Bauwerke vor Ort produziert.

Der Bau der einzelnen Tunnelelemente war die aufwändigste Phase des Tunnelbaus.
In drei Abschnitten wurden jeweils zwei Elemente gefertigt. Um diese Tunnelelemente ausschwimmen zu können, wurde das Baudock geflutet und anschließend leer gepumpt.

Ab März 2001 arbeitete ein Schwimmbagger an der Ausbaggerung der Fahrrinne.
Diese ermöglichte es später, die einzelnen Tunnelelemente mit einer Länge von jeweils 120 Metern an das Warnow-Westufer zu befördern. Täglich wurden 4000 bis 5000 Kubikmeter Baggergut gefördert.

Nach Fertigstellung von jeweils zwei Tunnelelementen wurde das Baudock geflutet und mit Wasser aus der Warnow gefüllt. Die einzelnen Tunnelelemente wurden ausgeschwommen.
Danach wurde das Baudock wieder leer gepumpt und der Vorgang erneut wiederholt – insgesamt dreimal.

Die vorgefertigten Tunnelelemente sind aus wasserdichtem Beton gefertigt. Zum Ausschwimmen wurden sie an den Enden geschlossen.
Nach Fluten des Baudocks wurden die Tunnelelemente über eine Schleusenanlage in die Unterwarnow ausgeschwommen und im Seehafen zwischengelagert. Als nächster Schritt folgte das Absenken und Positionieren der Elemente.

Auf der Ostseite der Warnow wurde die Mautstelle errichtet. Es gibt nur eine Mautstelle für beide Fahrtrichtungen zwischen dem östlichen Tunnelportal und der Anschlussstelle Krummendorf. Insgesamt werden neun Fahrspuren eingesetzt. Neben manueller Mauterhebung kommen auch elektronische und automatische Abbuchungen zur Anwendung.

Die Eröffnung dieses Pilotprojektes wurde mit einem großen Fest gefeiert. Unter den prominenten Gästen konnten wir insbesondere den Bundesverkehrsminister Dr. Manfred Stolpe (2.v.r.), den Ministerpräsidenten von Mecklenburg-Vorpommern Dr. Harald Ringstorff (2.v.l.), den französischen Botschafter Claude Martin (1.v.l.), die australische Botschafterin Pamela Fayle (Mitte) und die Bundestags- abgeordnete und Vorstandsmitglied der KfW-Förderbank Frau Ingrid Matthäus-Meier (1.v.r.) begrüßen.
Aber auch andere wichtige Personen wie der Oberbürgermeister der Hansestadt Rostock, Herr Arno Pöker, der Senator für Wirtschaft und Tourismus, Herr Dieter Schörken, die Vorstandsmitglieder der Gesellschafter, Herr Michel Côte für Bouygues Travaux Publics S.A. und Herr Jim Craig für Macquarie Bank Group waren unter den rund 500 geladenen Gästen. Auf einem Gelände neben der Mautstation war zusätzlich für die breite Bevölkerung ein Volksfest organisiert, welches mit einem grandiosen Feuerwerk abends sein Ende fand.